극장판 1기보다 더 발전된 모습을 보여준 극장판 2기. 아쉽게도 국내에서는 소개되지 않았다. 극장판 1기가 전투에 중점을 두었던 것과는 반대로 2기에서는 드라마적인 요소가 많이 들어가 있다.

태평양에서 1기에 등장했던 키루루가 출현해 배를 공격하지만 어떤 강력한 에너지를 지니고 있는 생명체에게 쉽게 당하고 만다. 그런 도중 태평양으로 바캉스(?)를 떠나게 되는 케로로들. 태평양의 한 섬에서 지내는 도중 나츠미가 키루루를 공격했던 무리들에게 잡혀가게 되고, 그녀를 구하기 위해 모두 따라간다. 거기서 등장하는 것이 뒤에 마론인으로 밝혀지는 메루와 마루. 메루는 나츠미에게 프린세스가 되어 달라고 부탁하게 되고 나츠미는 메루의 모습에서 과거의 기억 속 자신의 모습을 보게 되고 암묵적인 승낙에 이르게 된다. 그녀를 프린세스로 맞이한 메루는 케론볼과 비슷한 장치와 동조해 거대하게 변하고 케로로들과 싸우게 되지만 끝내 패하고 그들의 별로 돌아가게 된다는 내용이다.

이번 작품에서도 역시 케로로는 케로로였다. 바보 개구리의 센스는 언제나 독보적. 보는 내내 즐거움을 선사하는 귀염둥이 개구리의 모습을 보여줬다. TV판으로 현재 3기가 진행중인 케로로. 앞으로 국내에서도 더 많은 매체를 통해서 귀염둥이 초록색 개구리의 모습을 볼 수 있었으면 한다.

극장판 2기의 총감독은 사토 쥰이치로 1기와 동일하며 일본에서 2007년 3월에 공개되었다.