1864년 남북전쟁이 거의 끝나갈 무렵. 남부는 우세한 북부의 군사력에 고전을 면치 못하고 있다. 이제 남북전쟁의 시발점이었던 남부의 항구 도시 찰스턴 만이 마지막 고지로 남아 북부의 함선들에 의해 포위되어 매일 무차별 포격을 받는 위험한 상황. 외부로부터의 지원을 받지 못해 식량도 제대로 구할 수가 없고 무차별 폭격은 남녀노소를 가리지 않아 마을의 상태는 처참하게 변해간다.
남부의 사령관 보러가드 장군은 이런 포위망을 뚫기 위한 비밀병기로 세계 최초의 잠수함 '헌리'호를 제작하여 전선에 투입하려 한다. 하지만 시범 운항 중 두 번의 침몰로 인해 이미 십여명의 선원을 잃은 상태이고, 잠수함에 배치되는것은 곧바로 죽음과 직면하게 되는 상황이기에 선원 구하기도 쉽지가 않다.
새로운 함장으로 부임하게 된 딕슨 중위는 지원자로만 새롭게 선원을 뽑고 잠수함을 이용한 함선공격을 위한 연습에 돌입하지만 사태는 그리 좋지 않다. 좁은 공간과 산소부족, 뜨거운 열기 등의 악조건 속에서 잠수함을 움직여야하는 선원들은 수동식 운항체계 때문에 몇시간씩 쉬지 않고 버텨야만 하고, 각각 개성이 강한 성격 때문에 충돌도 잦다. 하지만 우여곡절 끝에 헌리호는 최초의 정식 출항을 하게 되고, 이제 비밀병기에 대한 정보를 입수한 북부 함선의 철통과 같은 수비를 뚫고 공격에 성공해야만 하는 마지막 기로에 서는데...