114년 동안 꿈과 희망을 선사한 놀라운 환상의 세계 마고리엄의 장난감 백화점. 비밀에 쌓인 마법의 능력으로 살아 숨쉬는 장난감으로 가득한 백화점을 운영해온 243살의 ‘미스터 마고리엄’ (더스틴 호프만)은 이제 젊고 상냥한 매니저 ‘몰리’ (나탈리 포트만)에게 백화점을 넘겨주고 떠나야 될 때가 되었음을 느낀다. 마법의 비밀을 담고 있는 알 수 없는 나무상자만을 ‘몰리’에게 남긴 채, ‘미스터 마고리엄’은 떠날 준비를 하고, 백화점 상속을 위해 숫자 밖에 모르는 깐깐한 회계사 ‘헨리’가 찾아 오자 장난감들은 걷잡을 수 없이 화를 내기 시작하는데……

백화점을 가득 메웠던 열기구들과 비행기 그리고 싱싱하게 살아 헤엄치던 물고기 모빌은 더 이상 날지 않고, 책 속에 웅크리고 있다 깜짝 등장하던 여우원숭이 페티는 그림 속으로 숨어버리며, 상냥한 몽키 인형마저 안아 달라 조르는 대신 뻣뻣하게 굳어 버리고 만다. 신기한 기운을 잃고 점점 회색 빛으로 변해가는 백화점 때문에 ‘몰리’는 두려움에 휩싸이며 자신감을 잃어 가는데…… 장난감 백화점을 예전처럼 활기찬 꿈의 세계로 되돌릴 방법은 있을까? 그리고 ‘몰리’는 과연 그 방법을 찾아낼까?